Контролният съвет е орган за вътрешен контрол върху дейността на Икономически университет – Варна. Той се състои от председател, зам.-председател и членове, които са хабилитирани лица, и представители на Студентски съвет. Контролният съвет проверява законосъобразността на изборите на ръководни органи на висшето училище и неговите основни звена, изготвя становище по проекта за бюджет на Икономически университет – Варна и следи за изпълнението му.